אחד מגדולי פרשני המקרא ומדקדקי השפה העברית הוא רבי דוד קמחי, המכונה בקיצור רד"ק. רד"ק חי במאות ה-13-12 בצרפת, בן לשושלת מדקדקים ממוצא ספרדי. עם ראשוני חיבורי רד"ק נמנה "ספר המכלול", שבו שני חלקים: "חלק הדקדוק" ו"חלק העניין", שלימים כונה "ספר השורשים". בניגוד לחיבורים קודמים בענייני דקדוק, מטרתו של ספר זה הייתה כוללנית: רד"ק שאף להקיף בספרו את כל הדקדוק העברי השימושי, ולהורות כיצד מנקדים את כל המילים שבמקרא. "ספר המכלול", על שני חלקיו, זכה לפופולריות רבה בדורות הבאים בקרב חכמי הדקדוק, פרשני המקרא וחוקרי הנוסח, ומכאן תפוצתו הרחבה וריבוי כתבי היד של שני חלקי הספר שהגיעו לידינו. "ספר השורשים" היה בסיס לשוני לכל היצירה הפרשנית הענפה שפיתח רד"ק במשך חייו. גם פרשני המקרא בדורות הבאים הרבו להשתמש בספר השורשים של רד"ק. כך תפס לו הספר מקום מרכזי ודומיננטי בתרבות התורנית לאורך הדורות, הרבה יותר מן המקום השמור בדרך כלל למילון. מפאת הפופולריות שלו נדפס הספר פעמיים לפני שנת 1500, ועוד חמש פעמים במאות ה-16 וה-17. לרד"ק וליצירתו הוקדשו מחקרים רבים, אך ספר השורשים כמעט לא נחקר כשלעצמו. בשנת 1548 פרסם ר' אליהו בן אשר הלוי אשכנזי, המכונה "בחור", את החיבור "נימוקים" – הערות לספר השורשים של רד"ק. בשנת 1847 יצאה בברלין מהדורה של "ספר השורשים" בעריכת ר"ה ביזנטל ופ' לברכט, ובה הערות בלטינית של לברכט, הכוללות ביאורים למילים לועזיות ולמילים ערביות, הפניות ל"ספר המכלול", ציון כמה ממקורותיו של רד"ק וכמה מפתחות בלטינית. "ספר השורשים" שבידינו כולל תוספות רבות, שרד"ק הוסיף לספר בגרסאות מאוחרות יותר. התוספות הן ככל הנראה נרחבות מאוד, וכוללות מאות קטעים. זיהוין מוסיף ממד חדש למחקרו של הספר, מפני שהוא מאפשר לעקוב אחרי שלבי היצירה שלו. מטרות מחקר זה הן להוציא מהדורה מדעית של "ספר השורשים"; לבאר את הספר בעבור הקורא בן זמננו; להוסיף הפניות מדויקות ומלאות למקורותיו ולציטוטים שהוא מביא; לעמוד על התפתחות נוסחו של הספר; להוסיף לו מפתחות וטבלאות; ולעמוד על מידת מקוריותו של רד"ק בהשוואה למקורותיו. לצורך המחקר יצרנו שיתוף פעולה עם מכון שלמה אומן בישיבת שעלבים, והוא העביר לידינו נוסח מוקלד של ספר השורשים, מנוקד ומוגה, המשמש כבסיס לעבודתנו. יצרנו קובצי מחשב ובהם השוואה מילולית של נוסח שישה כתבי יד של הספר. קבצים אלה משמשים לקביעת נוסח הפירוש המקורי, לרישום חילופי נוסח ולמעקב אחר קטעי התוספות שהוסיף רד"ק לפירושו במהלך השנים. ההשערה שכתבי היד משקפים התפתחות של החיבור אומתה בבדיקה ההשוואתית שלנו. היקף התוספות גדול מאוד, והנתונים ישתקפו היטב במהדורתנו. בפרקי המבוא נתאר את המגמות בהגותו של רד"ק המתגלות בשלבים המאוחרים יותר של יצירת ספרו. תהליך קביעת הנוסח הסופי של החיבור מצוי כעת בעיצומו, ונעשה בידי פרופ' יוסף עופר וד"ר יחיאל צייטקין. הספר השלם יכלול פרקי מבוא, ביאור, ציון מקורות ומפתחות, ויעמוד לרשות קהל החוקרים והמעיינים.