פירוק תוך-תאי של חלבונים הוא תהליך שכיח והכרחי לתפקודם התקין של כל התאים החיים. הוא נחוץ לשם בקרת איכות של חלבונים, ויסות של מגוון תהליכים תאיים וכן מחזוּר חומצות אמיניות בתנאי הרעבה. כלומר, כאשר החיידק אינו משיג חומצות אמיניות מן החוץ, הוא יכול לפרק חלבונים שלו-עצמו ולהשתמש בחומצות האמיניות שהתקבלו למטרות אחרות. מכיוון שפירוק חלבונים הוא תהליך הרסני במהותו, נדרשת בקרה הדוקה כדי לקיימו בתוך התא באופן שלא יגרום לפירוק-יתר של חלבונים. ואכן, תהליכי פירוק החלבונים מבוקרים במגוון רמות ומנגנונים. פענוח מנגנונים אלה והבנתם חשוב לא רק לצורך הבנת מרקם החיים, אלא מכיוון שחומרים המשבשים אותם יכולים לשמש כבסיס לפיתוח תרופות אנטיביוטיות. כך, למשל, התגלה לפני כעשור שבחיידק השחפת – חיידק הממית מדי שנה כשני מיליון נפשות – קיימת מערכת פירוק חלבונים שבלעדיה החיידק אינו מחולל מחלה. רק מעט ידוע על הבקרה של מערכת זו, ועל תפקודה בתגובה לאותות חוץ-תאיים. קבוצתנו חוקרת מערכת זו בחיידק מודל שאינו גורם מחלה, אך דומה מאוד לחיידק השחפת. ממצאינו בשנים האחרונות מעידים, כי למערכת פירוק חלבונים זו יש חשיבות רבה כאשר החיידק נמצא בתנאי הרעבה. ואכן, אלה הם למעשה התנאים שבהם חיידק השחפת שורד בגוף המאכסן. חיידק השחפת הוא גורם מחלה תוך-תאי, השוכן בתוך תאים של מערכת החיסון הנקראים מאקרופאגים. בסביבה זו זמינות חומרי ההזנה, ובמיוחד מקורות חנקן, מגבילה את התפתחות החיידק, ולפיכך הוא מסתמך על פירוק חלבונים שלו-עצמו לשם הישרדות. עוד למדנו על נקודות הבקרה החשובות של מערכת פירוק חלבונים זו, וכיצד מנגנונים מולקולריים אחדים מאפשרים פעילות מואצת של המערכת בתגובה להרעבה אך גם מונעים פירוק בלתי מבוקר של חלבונים, אשר יכול לסכן את התפקוד התקין של התא.