חקר נגיף הצהבת מסוג C נעזר במודלים מתמטיים, המתארים את הדינמיקה של כמות הנגיף בגוף. מודלים אלה מילאו תפקיד חשוב בשיפור הטיפול בחולי צהבת. כך, למשל, המודלים הסבירו טוב יותר את דפוס הירידה בכמות הנגיף במהלך טיפול המבוסס על החלבון אינטרפרון. המודלים אפשרו לחזות את קצב ההתקדמות של הטיפול, וכך להפסיק את הטיפול הקשה בהקדם האפשרי, מבלי לפגוע בהצלחתו. בשנים האחרונות פותח סוג חדש של תרופות נגד צהבת מסוג C: תרופות אנטי-נגיפיות ישירות, המעכבות באופן ישיר אנזימים של הנגיף (אנזימים הם חלבונים המזרזים תהליכים כימיים). מודלים קודמים של הדינמיקה של נגיפים לא הסבירו היטב את התוצאות של טיפולים אלה, ונוצר צורך לפתח סוג חדש של מודלים. בפרויקט זה פיתחנו מודלים מתמטיים חדשים של דינמיקה נגיפית והתפתחות עמידות. מודלים אלה מביאים בחשבון את הדינמיקה הנגיפית בשתי רמות: גם את הדינמיקה של תהליך ההדבקה ברמה התאית, וגם את ייצור הנגיפים ברמה התוך-תאית. פיתחנו כמה מודלים שונים, בעזרת טכניקות מתמטיות וחישוביות שונות, והשתמשנו בהם כדי לענות על כמה סוגי שאלות. כך בדקנו, למשל, כיצד מתפתחת העמידות של הנגיף נגד התרופות וכיצד אפשר למנוע זאת. בנוסף, התאמנו את המודלים לנתונים מחולים אמיתיים, והראינו שהמודלים האלה מתארים טוב יותר את התוצאות של הטיפול האנטי-נגיפי הישיר נגד צהבת C. המודלים החדשים מפיקים אפוא ניבויים טובים יותר של דינמיקת נגיפי הצהבת מסוג C בטיפול החדש. מודלים אלה עשויים לסייע בשיפור הטיפול בחולים, הן על ידי חיזוי ההתפתחות של עמידות הנגיף בפני תרופות והן על ידי חיזוי המֶשֶך המינימלי של טיפול מוצלח.